Professor Pellicer wurden viele verschiedene Preise für seine Leistungen auf dem Gebiet der Reproduktionsgesundheit verliehen, von denen die folgenden besonders hervorzuheben sind: die „American Society for Reproductive Medicine“ hat ihm sieben Mal den Preis „Annual Meeting Prize Paper“ verliehen. Ferner erhielt er den „XXV Society for Gynaecological lnvestigation President’s Award“ im Jahr 2002, den „Premio Rey Jaime I“-Preis in der Modalität der klinischen Medizin von der Stiftung „Fundación Premios Rey Jaime I“ in Valencia 2004, die Goldmedaille „Imposición de la Medalla de Oro“ des „Ilustre Colegio Oficial de Médicos“ (Ärztekammer) Valencia 2006, den Preis „Premio LLAMA ROTARIA“ 2007, den Wissenschaftspreis in Valencia 2008 und den Preis der Stiftung „Fundación Lilly de Investigación Biomédica Clínica“ für klinische Forschungen in der Biomedizin 2008, der von der Lilly-Stiftung in Madrid verliehen wurde. Jüngst wurde er zum Doctor Honoris Causa durch die Universidad Politécnica de Valencia in Gandia, Provinz Valencia, ernannt (2011). Verleihung der Ehrendoktorwürde der Europäischen Universität Valencia (2022).
Professor Pellicer ist Mitglied des Direktoriums der ESHRE (European Society of Human Reproduction and Embryology) und der International Federation of Fertility Societies. Er war Vorsitzender der Spanischen Gesellschaft für Fertilität von 1994-1996. Aktuell ist er Mitglied der spanischen „Nationalen Kommission für medizinisch assistierte menschliche Reproduktion“. Er ist Verfasser von über 200 Buchkapiteln und mehr als 650 Artikeln, die sowohl in spanischen, als auch in internationalen Magazinen veröffentlicht wurden und hat über 400 Konferenzen bei spanischen und internationalen Kongressen geleitet. Ferner ist er Mitherausgeber des Magazins „Fertility & Sterility“ und Mitglied in Redaktionsausschüssen mehrerer wissenschaftlicher Gesellschaften.
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